水口賢司

略歴

1990年 京都大学理学部卒業
1992年 京都大学大学院理学研究科(化学専攻)博士課程修了
1995年 京都大学大学院理学研究科(化学専攻)博士課程修了、博士(理学)
1995年 ロンドン大学バークベック校結晶学科 客員研究員(日本学術振興会特別研究員)
1996年 ケンブリッジ大学生物化学科 HFSP長期フェロー
1998年 ケンブリッジ大学生物化学科 博士研究員
2000年 ケンブリッジ大学生物化学科 グループリーダー(Wellcome Trustフェロー,独立研究室主宰)
2004年 ケンブリッジ大学理論物理/応用数学科 University Lecturer(生物化学科兼任)
2006年 独立行政法人 医薬基盤研究所 プロジェクトリーダー
2007年 大阪大学大学院生命機能研究科 招へい教授
2013年 独立行政法人 医薬基盤研究所 創薬支援スクリーニングセンター インシリコ創薬支援プロジェクトリーダー(併任)
2015年 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 バイオインフォマティクスプロジェクトリーダー(組織統合による)
2015年 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 創薬デザインセンター インシリコ創薬支援プロジェクトリーダー(併任)
2015年 大阪大学大学院薬学研究科 招へい教授

主な研究分野

創薬に向けたバイオインフォマティクス研究

主要業績
アミノ酸配列のみからのタンパク質立体構造予測法の開発(FUGUE

  • CASP国際ベンチマークなどで高評価
  • 多くの利用例(JMB 2001; 論文引用数>1000)
  • Tripos社との連携による製品化

大規模データ解析とデータ統合、データベース開発

  • TargetMineー創薬ターゲットの絞り込みを支援する統合データウェアハウス
  • ToxyagtesーLinked Dataと大規模マイクロアレイデータを統合したトキシコゲノミクスオンライン解析システム
  • HOMSTRADータンパク質立体構造アラインメントの先駆的データベース

タンパク質の構造、機能や相互作用の解析と予測の成功(実験による検証)

  • 発生過程の制御因子、病原性バクテリアの代謝酵素、がんや神経疾患に関与する新規因子その他
  • TargetMineを用いた、C型肝炎や他の疾患に関与する新規因子の同定と実験による証明
  • PSIVERを用いて予測した相互作用部位ペプチドによる、相互作用の特異的な阻害と乳癌細胞の増殖抑制

共同研究契約

アステラス製薬
(2009年度)
抗体創薬基盤技術開発に関する研究
抗体設計および作用機序理解に向けた,タンパク質—タンパク質複合体の網羅的なデータセットを作成し,タンパク質間相互作用の特異性がどのように発揮されるかを立体構造の観点から説明した(Nagao et al., 2012).

JSTバイオサイエンスデータベースセンター
(2011年度〜)
医薬基盤研究所データベースの統合化と外部連携

競争的資金

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教育業績

ケンブリッジ大学理論物理/応用数学科

Master’s programme in Computational Biology (2004-2006)‘Structural Biology’モジュールのコーディネーター(講義、実習、評価)

ケンブリッジ大学生化学科

The Natural Sciences Tripos, Part II (学部、第3年次)Biochemistry core course lectures: “bioinformatics” (2000-2006).

Postgraduate methodology course (Molecular biology and biochemistry in the post-genomic research era): “Bioinformatics modeling and computational biochemistry” (2002-2006).

学部学生、卒業研究室受入(2000-2006;成果PMID: 12016060, 16648940)

(その他大学など)

School of Information Systems and School of Biological Sciences, University of East Anglia, Norwich MSc in Bioinformatics (module “Protein, Structure, Prediction and Modelling”). Lecture and practical (March 2003, March 2004, March 2005)

Université Libre de Bruxelles Inter-University Master’s course in Bioinformatics. Lecture and practical (Nov 2003, Jan 2003)

MRC Rosalind Franklin Centre for Genomics Research Protein Structure Prediction course, Cambridge (Dec 2004)BBSRC Bioinformatics Summer School, Hinxton, Genome Campus Lecture “Fold recognition and comparative modeling” (Oct 2000)

徳島大学医学部非常勤講師(2014-)

京都大学大学院薬学研究科非常勤講師(2015)

(大学院生指導)

ケンブリッジ大学生化学科(2000-2006) 学位授与3名

大阪大学大学院生命機能研究科(2007-) 学位授与2名

委員等

(実績)

  • 内閣府「個別化医療に向けた次世代医薬品創出基盤技術開発」評価検討会 委員
  • 総務省国際戦略局技術政策課SCOPE事務局 専門評価委員
  • 総合科学技術・イノベーション会議評価専門調査会「個別化医療に向けた次世代医薬品創出基盤技術開発」フォローアップ検討会 委員
  • 文部科学省新学術領域研究専門委員会 委員
  • 日本学術振興会科学研究費委員会(第二段審査)委員
  • 日本学術振興会 回折構造生物第169委員会
  • 国立研究開発法人日本医療研究開発機構 課題評価委員
  • 国立研究開発法人科学技術振興機構 ライフサイエンスデータベース統合推進事業 研究アドバイザー
  • 日本バイオインフォマティクス学会 評議員
  • CBI学会 評議員
  • 日本生物物理学会 分野別専門委員