タンパク質-タンパク質間相互作用の予測

1. アミノ酸配列からのタンパク質間相互作用予測

◾ツール:PSOPIA

文献
Murakami, Y. and Mizuguchi, K. (2014). “Homology-based prediction of interactions between proteins using Averaged One-Dependence Estimators”, BMC Bioinformatics, 15:213.


2. 単一アミノ酸配列からのタンパク質結合部位予測

◾ツール:PSIVER

文献
Murakami, Y. and Mizuguchi, K. (2010). “Applying the Naive Bayes classifier with kernel density estimation to the prediction of protein-protein interaciton sites”, Bioinformatics, 26 (15): 1841-1848.
doi:10.1093/bioinformatics/btq302


3. アミノ酸配列ペアからのタンパク質結合部位予測

◾ ツール:PPiPP

Reference
Ahmad, S. and Mizuguchi, K. (2011). “Partner-aware prediction of interacting residues in protein-protein complexes from sequence data”, PLoS One (2011) 6(12)e29104.

水口賢司、(2015)、タンパク質間相互作用「生命ネットワークの基本部品の構造を解明する」、日本生物物理学会