ダイナミクスを考慮した膜蛋白質の構造モデリング

概要
バイオインフォマティクスと分子シミュレーションの最新技術を結合し、以下の目的の達成を目的とした研究を行っています。

1. 脂質二重膜中での膜タンパク質の構造安定化機構の解明
2. 動的で大規模な構造変化を起こしやすい領域の予測とそれを考慮したモデリング技術の確立
3. 膜タンパク質複合体の立体構造モデリングへの具体的応用

外部資金
JSTバイオインフォマティクス推進事業(2007-2010)「ダイナミクスを考慮した膜蛋白質の構造モデリング法の開発」(研究代表:水口賢司)

最近の成果
HTM-ONE予測システム
MultiCoMPデータベース

文献
Ahmad S., Singh YH., Paudel Y., Mori T., Sugita Y., Mizuguchi K., Integrated prediction of one-dimensional structural features and their relationships with conformational flexibility in helical membrane proteins, BMC Bioinformatics, 11:533, 2010 PubMed

共同研究者
杉田有治(理研)、岡本祐幸(名古屋大)、森博幸(京大)