酵素の構造と機能の予測

タンパク質のタンパク質,低分子との特異的な相互作用について理解するための解析と,予測方法の開発を行なっています.

1. 酵素の詳細な機能解析 マルチプルアラインメントから,活性部位,リガンド結合部位からなる部分配列を抜き出し,機能サブクラスへの分類が可能であることを示しました.

文献 Nagao C, Nagano N, Mizuguchi K. Relationships between functional subclasses and information contained in active-site and ligand-binding residues in diverse superfamilies. Proteins 2010;78(10):2369-2384. 共同研究先 Nozomi Nagano (CBRC)

2. タンパク質-タンパク質相互作用の特異性決定残基に関する解析 タンパク質-タンパク質相互作用の特異性を決定していると考えられる残基を,複合体構造より計算した相互作用エネルギーを利用して決める方法を提案しました.このようにして求めたデータセットには、既知の特異性決定残基が多く含まれていました.

文献 Nagao C, Izako N, Soga S, Khan SH, Kawabata S, Shirai H, Mizuguchi K. Computational design, construction and characterization of a set of specificity determining residues in protein-protein interactions., Proteins, 2012, PubMed