Grant

国際バリューチェインによる創薬ターゲットタンパク質の阻害剤開発プログラム(代表)
文部科学省,知的クラスター創生事業(第Ⅱ期)広域化プログラム
(2007年度〜2011年度)

新規の阻害剤開発を通した国際連携の確立を目的とし,これまでにホモロジーモデリングとX線結晶解析を組み合わせることで,メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)由来ビタミンB5合成系酵素阻害剤候補化合物の同定に要する時間を大幅に短縮できた.同時に,標的候補酵素の詳細な機能の違いを識別するバイオインフォマティクス手法を開発した(Nagao et al., 2010; Mondal et al., 2010)
タンパク質のネットワーク分子機能予測による創薬ターゲット同定手法の開発(代表)
NEDO産業技術研究助成事業
(2007年9月〜2011年8月)

新規創薬ターゲット同定支援データウェアハウスおよび遺伝子絞り込み手法を開発して,C型肝炎ウィルスや慢性炎症性疾患関連のデータ解析に応用し,実験検証を行なった(Chen et al., 2011; Tripathi et al., 2010; Tripathi et al., 2012; Tripathi et al., 2013).タンパク質のアミノ酸配列のみから他のタンパク質との相互作用部位を予測する方法を開発し(Murakami & Mizuguchi, 2010),乳癌の細胞増殖に関わる新規因子間の相互作用部位を予測して,実験的な検証に成功した.
ダイナミクスを考慮した膜蛋白質の構造モデリング法の開発(代表)
JSTバイオインフォマティクス推進事業
(2007年10月〜2010年9月)

重要な創薬ターゲットである膜タンパク質の構造安定化機構の解明と,構造変化を考慮したモデリング手法の確立を目指した研究を行ない,アミノ酸配列のみから揺らぎの大きい部位を予測する方法や構造変化を網羅的に収集したデータベースの開発に成功した(Ahmad et al., 2010; Morita et al., 2011).
疾患関連タンパク質における機能決定アミノ酸残基の予測(代表)

文部科学省科学研究費補助金(特別研究員奨励費)(外国人特別研究員)
(2011年度〜2012年度)  

多数のタンパク質を含む大規模なデータについて各タンパク質の中で機能発現に重な役割を果たすアミノ酸残基とその役割を解析した(Dessailly et al., 2013)。

ヒトES/iPS細胞の実用化における幹細胞バンクの基盤整備についての研究(分担)

厚生労働科学研究費補助金
(2011年度〜2013年度) 

ヒト幹細胞の品質評価を行なうための基盤技術開発に向けた、バイオインフォマティクス解析を実行した。

アジュバント安全性評価データベースの構築研究(分担)

厚生労働科学研究費補助金
(2012年度〜2016年度) 

アジュバント(免疫賦活剤)による生物反応を実験的に網羅的に解析し、アジュバントの有効性および安全性の指標となるバイオマーカー探索を可能にするデータベースを構築する。

データウェアハウスとタンパク質予測情報を組み合わせた創薬標的探索システムの開発(代表)
文部科学省科学研究費補助金(基盤C)

(2013年度~2015年度) 

創薬プロセス初期における探索研究を支援する統合データウェアハウスTargetMineと、個々のタンパク質の機能や相互作用を予測する方法を統合し、可能な限りインシリコで創薬ターゲット及びバイオマーカーの探索を行なう次世代創薬支援システムプロトタイプを構築した(Chen, Tripathi et al., 2014: 2016)。

新規エストロゲン受容体活性制御分子の生体機能解明と創薬研究(分担)
文部科学省科学研究費補助金(基盤B)

(2013年度~2015年度)

新規に同定されたエストロゲン受容体活性制御分子の相互作用や機能解明を目指したバイオインフォマティクス解析を行なった(Yoshimaru et al., 2013, Chen et al., 2014)。