水口賢司プロジェクトリーダーが第56回日本呼吸器学会学術講演会において”データ統合と計算ネットワーク生物学による呼吸器疾患へのアプローチ”について招待講演しました。(2016.4.10)

水口賢司プロジェクトリーダーが第56回日本呼吸器学会学術講演会において”データ統合と計算ネットワーク生物学による呼吸器疾患へのアプローチ”について招待講演しました。(2016.4.10)

水口賢司リーダーが日本学術振興会構造生物第169委員会において”構造からネットワークへ:計算生物学による創薬研究”について招待講演しました。(2016.3.9)

水口賢司リーダーが日本学術振興会構造生物第169委員会において”構造からネットワークへ:計算生物学による創薬研究”について招待講演しました。(2016.3.9)

水口賢司プロジェクトリーダーが日本生物物理学会ウェッブサイトに、タンパク質間相互作用に関する研究紹介の記事を掲載しました。

日本生物物理学会ウェッブサイトの生物物理について紹介するページに、水口賢司プロジェクトリーダーが、タンパク質間相互作用に関する研究を紹介する記事: タイトル「生命ネットワークの基本部品の構造を解明する」を掲載しました。

 

 

2015年12月14日 | カテゴリー : 研究 | 投稿者 : bioinfoadmin

ロケシュテリパチ特任研究員が9th Vaccine & ISVで発表します。(2015.10)

ロケシュテリパチ特任研究員が”A systems level analysis of adjuvant transcriptomes for biomarker and targe discovery”について発表します。

9th Vaccine & ISV Congress 2015年10月18日~20日

会場:ロッテホテル、ソウル、韓国

発表日時:2015年10月18日 15時25分~15時40分

"Pathway-Based Analysis of Genome-Wide siRNA Screens Reveals the Regulatory Landscape of App Processing." が PLoS One に掲載されました。 (2015-2-27)

Pathway-Based Analysis of Genome-Wide siRNA Screens Reveals the Regulatory Landscape of App Processing.

Camargo LM, Zhang XD, Loerch P, Caceres RM, Marine SD, Uva P, Ferrer M, Rinaldis E, Stone DJ, Majercak J, Ray WJ, Yi-An C, Shearman MS, Mizuguchi K.
PubMed:25723573

Abstract
The progressive aggregation of Amyloid-β (Aβ) in the brain is a major trait of Alzheimer’s Disease (AD). Aβ is produced as a result of proteolytic processing of the β-amyloid precursor protein (APP). Processing of APP is mediated by multiple enzymes, resulting in the production of distinct peptide products: the non-amyloidogenic peptide sAPPα and the amyloidogenic peptides sAPPβ, Aβ40, and Aβ42. Using a pathway-based approach, we analyzed a large-scale siRNA screen that measured the production of different APP proteolytic products. Our analysis identified many of the biological processes/pathways that are known to regulate APP processing and have been implicated in AD pathogenesis, as well as revealing novel regulatory mechanisms. Furthermore, we also demonstrate that some of these processes differentially regulate APP processing, with some mechanisms favouring production of certain peptide species over others. For example, synaptic transmission having a bias towards regulating Aβ40 production over Aβ42 as well as processes involved in insulin and pancreatic biology having a bias for sAPPβ production over sAPPα. In addition, some of the pathways identified as regulators of APP processing contain genes (CLU, BIN1, CR1, PICALM, TREM2, SORL1, MEF2C, DSG2, EPH1A) recently implicated with AD through genome wide association studies (GWAS) and associated meta-analysis. In addition, we provide supporting evidence and a deeper mechanistic understanding of the role of diabetes in AD. The identification of these processes/pathways, their differential impact on APP processing, and their relationships to each other, provide a comprehensive systems biology view of the “regulatory landscape” of APP.

2015年3月3日 | カテゴリー : 研究 | 投稿者 : bioinfoadmin